Как флешку с mp3 безопасно извлекать с автомагнитолы Sony, чтобы не повредить содержимое флешки?

Очень аккуратно дёргай. Только, очень быстро!

Отформатировать флешку в формате NTFS, а не в FAT32 и не париться

в идеале главное остановить воспроизведение с флешки и перейти на опцию радио.....в некоторых есть опция извлечения флеш - носителей или отключение электропитания на концентраторе разветвителе USB порта

После отключения питания любую флешку можно вынимать.

Я полагаю, что нужно делать это руками.