Как англичане различают такие слова??

Произношение

По контексту. Вариантов, где их можно спутать в предложении - минимум.

Sight произносится как Сайт, Site произносится как Сит, Stuff произносится как Стаф, а Staff произносится как Стэф

Так же как ты отличаешь слова в предложении "Девушка с косой косит траву косой косой на песчаной косе"

Если ты не различаешь произношение, это не значит, что его не различают англичане. Это мне, между прочим, англичанин разъяснял ;) И у кошек тоже есть много различных "мяу", которые для нас просто мяу :)

Не одно и то Же на их ухо.
И по ситуации всегда видно, о чём речь.
У нас тоже есть такое. Род и рот - слышатся одинаково.)

из контекста понятно...

Sight saɪt
Site saɪt
Sit sɪt
Stuff stʌf
Staff stɑːf
Некоторые звуки всёж отличаются
Омнонимы всё таки существуют и в русском языке, например жизнь бьёт ключом, да всё по голове.

Site и sight действительно произносятся одинаково. Различают по контексту (по смыслу).
Stuff и staff произносятся по-разному. В первом случае гласный звук короткий, во втором долгий, а у американцев вообще Э, а не А.

первых два по контексту. Вторых два по произношению.