Если у армии - воинская часть, то у ВМФ что? ВМ База? ВМ порт?

Корабль, дивизия (дивизион, бригада), ВМБ, флотилия (эскадра), флот. Они все кстати, начиная с корабля 2 ранга, тоже являются "номерными" войсковыми частями, как и отдельные батальоны, полки, корпуса, армии и пр. в сухопутных и пр. войсках.
Воинская часть, это скорее общее (не конкретное) название и в плавсоставе не применяется.