Потому что церковнославянское слово- небо, очень часто упоминалось в Библии и церковных проповедях, и постепенно вытеснило русское слово - нёбо. а вот например слово - мёд, в них не упоминалось и сохранилось, хотя на церковнославянском - мед, и вопросов у нас не возникает почему так, поскольку оно привычно на слух.
Другой пример слово - лев, которое так же заменило русское - лёв. причем не так давно.