Имеет ли право комендант в общаге подселять 3 человека в комнату, рассчитанную на 2 койко-места?

нет, нарушение
жалобу ректору или проректору по учебно-воспитательной части

В исключительных случаях
Временно. Пока делается ремонт/устраняется авария/травят тараканов и тп

Нет, он обязан будет подселить его в любую двухместную комнату, уже занятую одним человеком.

даже 4 если это 2 пары мальчик девочка

если у коменданта 500 койко-мест в наличии, а студентов, нуждающихся в предоставлении общежития значительно больше, то и третью койку поставит, и четвертую, и пятую, сколько втиснуть смогут. есть еще общежития, где двухъярусные кровати стоят, по 6-8 человек живут.
это не личная инициатива коменданта, руководство учебного заведения в курсе, сколько у них в наличии койко-мест и сколько нуждающихся, они же приказ о заселении подписывают, а не комендант, который всего лишь распоряжения исполняет. так, что ректору жаловаться бесполезно, к себе домой он вас не возьмет. не нравится в общежитии, откажитесь от места, вот и не придется лишнюю кровать ставить.
так-то, кому тесно, могут себе отдельную квартиру снять, в этом никто же не препятствует.

ст. 105 ЖК РФ ..изучай..

По своей инициативе - нет (крое случаев ЧП). . По решению ректората - обязан.