Как писать правильно?

Я ничего не понял, Анна Владимировна,вы совсем тупые задавать такие сложные примеры?

в интонации обычно разница в таких случаях, в первом чтобы подчеркнуть ничего

Нет такого "правила".
Я не понял ничего - вы несёте ахинею
Я ничего не понял - я туплю

Писать лучше стоя

Как хочешь, язык не наука
Хотя и засирать его не нужно по-рабски всякими кейсами, уже тошнит

Второе естественнее.

Согласно правилам - вообще никакой разницы, в русском языке порядок слов свободный.
Предполагаемая разница в значении сводится на нет интонацией или контекстом:
Я НИ-ЧЕ-ГО не понял. Я не понял НИ-ЧЕ-ГО. - один и тот же смысл (или выделяется "не понял" с тем же успехом).

Произнесите обе фразы и Вы заметите, что порядок слов влияет на интонацию. Именно за счёт этого и возникает разница в смыслах - изменение порядка слов меняет смысловые ударения.
"я ничего НЕ ПОНЯЛ" - Вы сообщаете, что Вы не можете понять то, о чём Вам пытаются сообщить.Эта фраза может быть произнесена и как "я [пауза для усиления] НИЧЕГО не понял", но это на письме выразить невозможно, у нас не предусмотрен письменный синтаксис для подобного.
"я не понял НИЧЕГО" - Вы сообщаете, что Вам много чего пытались рассказать, но всё это для Вас прозвучало как абракадабра. То есть ударение не на то, что Вы не поняли (что Вам можно попробовать это объяснить как-то иначе), а на "ничего" (то есть, что если Вам и попытаются это объяснить снова, то это следует сделать как-то совсем иначе, потому что в таком виде оно не имеет ни малейшего смысла для Вас)