Что будет с 2 диском при переустановлении Виндоус?

Ничего ровным счётом.Даже,если этот диск логический.

Ничего не будет.
Форматировать.
А игры и программы, за редкими исключениями, всё равно придётся переустанавливать.

во время переустановки винды ОТКЛЮЧИ второй диск. ибо на него может встать загрузчик. после переустановки подключи второй диск и отформатируй его , если тебе надо всё удалить с него

Будет второй диск

во время установки приложений, которые ты указывал ставить на второй диск (а точнее другой раздел, расположенный на другом диске), настройки этих приложений как правило прописываются в пользовательской папке, реестре. Это означает, что если ты переустановишь систему, то приложения установленные на другой диск могут и не работать. Но это зависит от организации хранения настроек приложения.

итог:
ты можешь физически отключить второй диск, установить систему, а потом после подключить и уже через рабочую систему почистить второй диск.
Исключением являются вирусы. Но это отдельная тема.

Если у пользователя руки не совсем кривые, то второй диск (если это именно диск, а не логический раздел!) не пострадает. Главное - не забывать, что на этапе установки системы букв у разделов нет, только имена имеются.