Лишают ли стипендию за двойку в журнале,при том что учишься на пятерки и четверки?

В нормативных документах нет понятия "лишить стипендии".
Стипендия назначается на несколько месяцев до следующей сессии, после сессии назначается заново тем, кто сдал сессию вовремя без троек.
Между сессиями стипендия может исчезнуть в единственном случае - при отчислении.