ПНД ОТ ВОЕНКОМАТА

Да, может, конечно же.

может! (тебе просто справку дадут от военкомата-а ты ее в учебное заведение отдашь!)

ставят ли на воинский учет по временной регистрации, автоматически или самому надо?

Это не такой простой вопрос. Формально, «по букве закона», призывная комиссия имеет право Вас отправлять на медобследование несмотря на то, что у Вас отсрочка по учёбе.
Но Вы можете опротестовать это решение, ссылаясь на то, что это нарушит Ваше право на образование (всё время, пока Вы будете пребывать на обследовании, Вы не сможете учиться).

Начинать надо с того, что вежливо попросить об этом призывную комиссию: «понимаете, я же экзамены не смогу сдать, если много дней пропущу занятия. »

Ну а если призывная комиссия будет упорствовать — тогда подавать туда письменное заявление с такой просьбой.

Рассказать Вам — как такое заявление составлять?

думаешь потом, когда писать диплом будешь, у тебя появится время полежать на обследовании?

Такое обследование к призывным мероприятиям не относится, так что вполне могут направить в любой момент. И отказаться ты не имеешь права.