Умеет ли C# изменять конфиги в Windows?

Да, может. Для этого есть API вроде Microsoft.Win32.Registry, System.Windows.Forms.SystemInformation (Winforms) / SystemParameters (WPF). А есть и P/Invoke, который можно использовать для вызова функций из неуправляемых библиотек, вроде user32.dll или gdi32.dll, для более детального управления внешним видом.