В чем различия работы министра обороны и главы ген штаба?

Ген штаб планирует военную работу
Министерство распределение денег

Начальник выше

Министр не разрабатывает военные операции, в отличие от начальника Генштаба

Министр это главный управленец и администратор. Глава Генштаба -- главный профессиональный военный.