Если вирус троян лежал на жестком диске но не открывался, то может ли он действовать?

Вполне!
Есть такие вирусы, которые, к примеру, начинают работать определенного числа каждого месяца....

если винда новая то врядли но советую подключить диск с чистой виндой и перенести все данные