Почему в 1-ые годы советской власти существовала Эстляндская Трудовая Коммуна, а не Эстонская ССР?

а почему у императора Николая второго был такой титул ?

Потому что когда Российская Империя была в полной своей силе не было ещё Эстонии Литвы Латвии Украины ничего этого не было это были ей провинции. Соответвенно народы проживающие там и говорящие на своих языках так и называли свою область обитания.

Эстляндия - земля эстов, это часть современной Эстони, включает в себя территории Харьюмаа, Рапламаа, Ярвамаа, Ляэнемаа, Ида-Вирумаа, Ляэне-Вирумаа, Хийумаа.
И губерния была Эстляндская.

Так, Эстляндская губерния входила в составе России (образована 12 декабря 1796 года и упразднена 24 февраля 1918 года).
Нарва с окрестностями до немецкой оккупации по решению исполкома Советов рабочих и солдатских депутатов была передана в состав Эстляндской губернии России.

После занятия Нарвы Красной армией в городе был образован Временный революционный комитет (ревком), провозгласивший 29 ноября создание Эстляндской трудовой коммуны.
7 декабря 1918 года Совет народных комиссаров РСФСР издал декрет о признании независимости Эстляндской трудовой коммуны.