В гипермаркетах кассиры переписывают номера пятитысячных банкнот. С какой целью это делается？

С целью учёта и контроля

часто воруют такие купюры кассирами, поэтому и переписывают, чтобы домой не стащили

Если вдруг потом не настоящая обнаружится, чтоб знать у кого из зарплаты высчитать :)

Чтобы не воровали и чтобы отслеживать их. Вдруг подделка или украли где

Там пишутся не только номера, но и точное время передачи купюры.
Чтобы в случае фальшивой купюры определить, кто ею расплатился.