Будет ли xeon e5 2680v4 работать в плате с ddr3 памятью?

Не должен. Там в проце контроллер ddr4. Он физически не поддерживает ddr3. Поэтому с вероятностью 90% ничего не заработает.
Комменты выше - чушь, взятая с потолка. У xeon'ов, которые поддерживают и ddr3 и ddr4 - это указано в базе данных интела. Процессор, указанный в вопросе не поддерживает ddr3.