Да много причин может быть: сложившаяся репутация (кому-то простят даже неосознанно и поставят 4, а кому-то 3), но если более объективные:
- пробелы в знаниях до этого
- сложность восприятия информации (возможно по учебнику не очень, нужен другой формат: видеоуроки/другие учебники/практические опыты...)
- Неготовность применить знания к формам проверки (свои знания перенести на задачи или тест)
- качество усвоения - возможно дома что-то отвлекает и информация фрагментами запоминается
- психологические штуки по типу зажимов, стеснения, "улетающих" мыслей на уроке (особенно при ответе у доски)
- скорость обдумывания на уроке (есть люди, которым нужно больше времени на выполнение заданий и обдумывание ответов, а стоит поторопиться и получается там самая тройка)
- неумение подхватить мысль учителя или гладко ответить (свою мысль выразить достаточно подробно и ясно), возможно даже налив "воды" в слова
- и др.