Как в немецком различать какой род у слова и когда ставить ein, а когда eine?

Запоминать.

тоже сталкивалась с подобным.

ein — мужской род.
eine — женский род.
лично я различаю ein и eine не только по роду, но и по окончанию. например:
eine Biene — пчела
eine Katze — кошка
eine Eule — сова
и так далее.
в словах таких как, eine Mädchen(девочка), eine Freundin(подруга) по окончанию определить не получится. здесь зависит конкретно от перевода.

ein Mann — мужчина
ein Junge — мальчик
ein Hund — собака
ein Freund — друг

ein используется не только в мужском роде, но и в среднем:

ein Buch — книга
ein Pferd — лошадь

постарайтесь углубляться в грамматику немецкого, насколько это возможно. надеюсь мой "недо-ответ" поможет вам хоть немного. удачи!