Как живые существа были созданы из неживых элементов?

Строгой границы между живыми и неживыми объектами не существует.
Например, вирусы можно считать переходной формой от неживого к живому.

Живые объекты являются самоорганизованными открытыми системами. То есть в них не выполняется второй закон термодинамики, так как через них идет прокачка энергии (и вещества).

Обычно, мы встречаем самоорганизованные системы, которые не могут воспроизводить себя. Например, автоколебания, конвекция и подобные. Но вот такие самоорганизованные системы, как, например, ячейки Бенара, уже имеют способность к экспансии во внешнее пространство, где есть подходящие условия, и навязывают свою структуру этой среде. (Автоволны, кстати, тоже имеют это свойство, но это не так очевидно, хотя эффект синхронизации часов на прилавке часового магазина известен еще с 17-го века.)

Но обычно под живыми объектами понимаются локальные структуры, хотя необходимая среда обитания при этом не является локальной. И вот именно этот локальный самоорганизованный объект делает копии самого себя, подобно вирусам, а не заполняет собой всё пространство подходящей среды.

Наука до сих пор пока не может найти такие физические условия, которые приводят к созданию локальных копий самоорганизованных структур, состоящих из белковых молекул.

Но математически такие структуры, в принципе, уже найдены в клеточных автоматах. Самый известный пример, это симуляция "Жизнь" Дж. Конвея. В частности там есть стартовые позиции, которые эволюционируют в глайдерное ружье, которое производит бесконечно много копий глайдера.

В Интернете можно найти эту симуляцию и онлайновую, а также реализации на JavaScript и на Python.
..
https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%98%D0%B3%D1%80%D0%B0_%C2%AB%D0%96%D0%B8%D0%B7%D0%BD%D1%8C%C2%BB