То что вода не прозрачная и пахнет, говорит о том, что в ней есть различные примеси и это в принципе нормально, самое главное чтобы не было опасных примесей. Чтобы это проверить, обрaтитесь нa
https://ecomkm.ru/services/laboratornye-issledovaniya/analiza-vody/ для проведения анализа воды. Если все нормально, то просто используйте фильтр для очистки воды.
P.s. швы в колодце заделаны, щелей нет