Есть ссылки которые хранятся в mysql и если я их там зашифрую надо ли мне будет в php коде где они выводятся

технически же не обязательно, можно ввод шифровать, отправлять запрос в БД, получать шифрованный пароль и сравнивать обе шифровки, если они совпадают то пароль верный. И никто не узнает реальное содержимое пароля.