Можно ли распаковать частично поврежденный фрагмент данных, запакованный алгоритмом Хаффмана?Если да - как это сделать?

смотря что ты потерял - если кусок словаря, то 90% что можно простится с инфой, если данные, кто собственно тут вопрос реализации алгоритма. .
лучше конкретезировать вопрос

Если заголовки не повреждены (таблица соответствий символов или код стандартной таблицы, длина данных и конец файла) , то можно после каждого повреждённого куска находить первый встретившийся ноль (конец предыдущего символа) и продолжать распаковку со следующего бита.