Потому что окончание -ас указывает на мужскую фамилию, а -айте - окончание женское, но незамужних, т. е. девичьих фамилий. Пугачева же, выйдя замуж за Орбакаса, была Орбакене.
В настоящее время женские литовские фамилии отличаются от мужских и образуются от основы фамилии отца с помощью суффиксов –айт-, -ут-, -ют- и окончания –е, например: Орбакас — Орбакайте, Буткус — Буткуте, Катилюс — Катилюте.