Военкомат к проведению независимой ВВЭ никакого отношения иметь не может, на то она и независимая. Причем эта экспертиза проводится исключительно только по вашей личной инициативе и только за ваши личные средства. Естественно ее может проводить только та медицинская организация, которая имеет лицензию на этот вид деятельности, т. е. на проведение независимой военно-врачебной экспертизы. Советую сначала вам внимательно ознакомиться с
"Положением о независимой ВВЭ", и только потом затевать это дело.
Только не ждите, что призывная комиссия послушно примет заключение независимой ВВЭ как истину в последней инстанции. Если их мнения не совпадут, то призывная комиссия может опять направить вас на новое дополнительное обследование. Она имеет на это право.