На материнке есть разъем SATA,а винчестер SATA II.Нормально ли будет работать такое сочетание?

Не факт.
Вплоть до неопределения винчестера BIOSом.
На винчестерах SATA-2 двух крупнейших производителей (WD и Seagate) есть контакты, которые следует замкнуть чтобы перевести винчестер в режим совместимости с SATA-1. Правда, на современных винчестерах эти контакты не подписаны, но их расположение можно найти в и-нете. Перемычка у современных винчестеров в комплект тоже не входит.
WD:

Seagate: