Чтобы скопировать музыку с айпода на компьютер воспользуйся SharePod. Ничего особо сложного здесь нет.
Управление вручную подразумевает то, что ты самосоятельно будешь выделать в медиатеке нужное и перетаскивать на iPod. Соответственно, теперь чтобы удалитьчто-то с айпода, нужно выбрать его в iTunes, выделить удаляемое, правой кнопкой мышки > удалить.
http://www.youtube.com/watch?v=9ecFsbeTjJw на примере iPod classic
P.S. комментарии типа "выброси айпод" оставьте при себе