Могут ли после покупки билета он-лайн на поезд при его оформлении в кассе отказать под предлогом что билетов нет.

Если вы купили билет на сайте rzd.ru или другом солидном проверенном сайте (я, например, несколько раз брал на сайте билайна с комиссией) то никаких проблем в кассе не возникает - вы уже в базе пассажиров поезда. Не выдать билет могут в случае, если не прошла оплата через какие то платёжные системы, а не потому, что "билетов нет"