Есть координаты города, что берется за "центр города" есть правила?

Про единое правило не слышала.
Формально центром города, от которого ведётся отсчёт расстояний, является нулевой километр. Исторически нулевым километром стали считать координаты пересечения дорог возле главпочтамта (есть несколько городов-исключений, но в основном так) .
А считать что-то одно координатой города - это нелогично. Координата - это точная величина, и у каждого метра она своя. Так как город занимает не один метр, то его нельзя описать одной координатой. Если считать центром среднее арифметическое от границ города, эта точка будет отличаться от координат главпочтамта, но всё равно будет в черте города. Скорее всего, у карт, которые Вы сравниваете, использовались две этих методики. Тогда у Вас один вариант центра - на пересечении крупных улиц, а второй фиг знает где.