Сделать это и это, а Hide-Show Files 1.0 быстро покажет, а при необходимости и скроет все файлы на флешке без всяких "шаманств" и тотальных командеров ))
Сначала почистите ваш комп от вирусов. Потом почистите флешку. Потом откройте флешку через архиватор (например ВинРар) - открывайте каждую папку и извлекайте все файлы по-отдельности в комп. Форматируйте флешку после извлечения файлов и верните файлы на место.
Пройтись по флэшке свежим антивирусом, удалить всё, что антивирус найдёт, как бы дороги Вам ни казались имена файлов. Затем открыть флэшку каким-нибудь файловым менеджером (типа Total Commander), способным показывать скрытые файлы (возможность показывать скрытые файлы должна быть в нём включена) и, с помощью команд Total Commander сделать файлы и папки "нескрытыми". Можно и без Commander'ов, конечно, с помощью командной строки, но там легче напутать