Установлю флеш на компютер, все папки и файлы будуть вирусы. Почему?

у тебя компьютер весь в вирусах потому что, при запуске флешки срабатывает авторан, а любой вирус для флешек прописывается так что он вносит во время автозагрузки свой вредоносный код на флешку, вставь в любой не зараженный комп с антивирусом и увидишь как твоя флешка норм загружается