Проживаю в Москве и оформляю субсидию на квартиру. Теперь имею 2 квартиры - можно ли оформить субсидию на вторую квартиру

только на одну квартиру...

Стоит только заикнуться, как потеряете и первую субсидию. Она, ведь даётся малоимущим. А вы выложите им карты, Что у Вас есть возможность сдавать внаём и иметь доп. доход.
Как я понял - субсидии по ЖКХ ?

Субсидия оформляется только по месту регистрации, в двух квартирах вы не зарегистрированы, поэтому, пока получаете субсидию, не рыпайтесь