Надо ли платить подоходный налог???

Вам нет.
А вот у бабушки сложнее.
Обязанность представить декларацию за 2012 год у нее точно возникла. причем успеть надо до 30 апреля.
Налог в данном случае лучше рассчитать с разницы между ценой покупки квартиры и ценой ее продажи (в сумму можно включить как расходы. оплаченные из собственных средств, так и погашенные за счет государственного жилищного сертификата) . Но сделать это можно лишь в том случае, если сохранились документы подтверждающие расходы: договор купли-продажи + платежные документы, подтверждающие передачу денег продавцу. Если квартира действительно продана за ту же сумму, что и куплена, то налог составит 0 руб. (у Вас, кстати, по расходам 2,5 млн. руб. не получается - Вы где-то потеряли 37 тысяч или просто цифры округлили?) .
Если подтверждающих расходы документов нет, то налог придется уплатить с разницы между ценой продажи и 1 млн. руб. - при Ваших данных
(2 500 000 - 1 000 000) х 13 % = 195 000 руб.