Если взять ребенка-сироту под опеку, у которого нет закрепленного за ним жилья, остается ли он на очереди за жильем

Она останется в очереди. Главное в дальнейшем проследить за тем, чтобы за ней не закрепили ваше жилье. А так по достижению 18 лет ей обязаны выдать жилье.
Если все же уберут из очереди вашу сестру, то обязательно обратитесь с жалобой в прокуротурю. Вся юридическая консультация для вас и вашей сестры будет бесплатная.