Где в Москве можно купить хорошее натуральное вино?

Натуральное (в смысле из винограда) практически везде. А хорошее - это скорее дело вкуса и предпочтений, а также финансовых возможностей. Практически в любом ценовом диапазоне можно найти удачные вина, подбирайте под себя.
Ориентироваться, пожалуй лучше на производителя.
Например о винах дороже 350 евро можно сказать, что среди них практически нет неудачных, и "хорошесть" определяется чисто вкусовыми пристрастиями, сильно дороже уже нет смысла покупать.
В нише дешевле 350 рублей порекомендую вина от Кубань-вино (включая Шато Тамань) , Цимлянские вина, Фанагория, Винария Пуркари.