Какой программой сделать перекодировку видео-файлов?

K-Lite все кодаки бесплатно

Adobe Primier сделает свидео всё что вашей душеньке угодно.

Программа KMencoder
Скачать ее можно здесь http://sourceforge.net/project/showfiles.php?group_id=56364

зайдите на сайт www.freesoft.ru и там посмотрите мож что небудь найдете для себя подходящее ок

любой видео-редактор:

Adobe After Effects Prо
Adobe Premiere
Adobe Premiere Elements
Adobe Premiere Pro
Pinnacle Studio
Roxio VideoWave Professional
Sony Vegas Movie Studio
Sony Vegas
Ulead MediaStudio
Ulead Video Studio