чем комплексная методика отличается от комплекса методик?

Комплексная методика - одновременное применение разных методик. Например, при четвертовании, чтобы человек не так мучился, тут же отрубали голову, чаще всего даже слегка заранее.
А комплекс методик - это запас способов казни у палача. Совсем не обязательно делать из них комплексную методику, как в описанном выше случае...