На сайте "Русский язык" есть варианты ответов, вот один из них:
https://rus.stackexchange.com/questions/"Ну как же без этого вопроса. Не помню форума, где бы его не было.
Есть на лингве, в "ответах" на мэйле и гугле... Везде, короче.
Насчет Вовчука и Сергея - ничем не лучше и не хуже всех прочих. даже если допустить, что в рукописи ребятишек звали именно так (чему доказательств я не видел). Не нравится то, что Гек взято от полного имени и переделано в Гек, а Чук - от совершенно неходового уменьшительного Вовчук. А почему не Борчук или Васчук?
Из экзотических назову историю о том, что это окончания фамилий реальных друзей Гайдара (знать бы, каких) и что имена позаимствованы у Марка Твена. Типа Гек - это Геккельберри Фин, а Чук - естественно, Чак, какого выкопали среди второстепенных героев не помню уж какого произведения. Или просто от того же Гека в английском написании - Huck.
Я все же думаю, что тут не стоит копать уж очень глубоко. Имена просто выдуманы. Лично мне они чем-то напомнили стук вагонных колес... Только это если изнутри вагона - кто не знает, стучат они совершенно по-разному, если слушать проходящий поезд - и ехать в нем...
Как вариант: Гек от Геннадий, Чук - ну, скажем, от Анчук...
Интересно было бы раскопать информацию о прообразах, если таковые имеются. Может, это пролило бы свет на вопрос.
Так Сережа и Володя - "прообразы". Но опять-таки - одна из версий.
Не могу найти убедительный источник, проще пересказать. Соседом Гайдара по подъезду был некто Иван Ефимофич Серегин, геолог, у которого были сыновья Володя и Сергей. И еще собака Гектор. Откуда Гек. А Чук, типа, команда которую подают ездовым собакам. В переводе на лошадиный - "Ну!". Ну и еще сорок бочек арестантов.
Отсюда, типа, и пошло. Беда в том, что кроме как воспоминаниями родственников ничем версия не подтверждается."