Должностная и функциональная инструкции чем отличаются? И что, если противоречат друг другу??
Дополнен
Противоречие в области подчиненности сотрудника, в одной указано, что подчиняется зам. ген директора, в другой - финансовому директору.
По дате
По рейтингу
Должностная инструкция знаю, что это. А функциональная? О такой не слышал даже. А в договоре что у Вас написано, что Вы и той, и другой следовать должны? В общем, какой то беспорядок в бизнес-процессах в Вашей организации.