Запуск безопасного режима происходит из-за не корректного окончания сеанса... остаются в памяти процессы .. часто помогает просто перезагрузка, но это риск и лучше в безопасном режиме из учётной записи администратора запускать командную строку и выполнять проверку файловой системы (
http://ru.wikipedia.org/wiki/CHKDSK) - в описании википеди в этом случае достаточно флага /f .