Снять деньги со счета ИП

Удобнее переводить с расчетного счета на личную карту любого банка.
Большинство банков не берет комиссию за такое перечисление (кроме платы за обработку платежного поручения по тарифам счета). В платежном поручении в назначении платежа написать, например, "вывод собственных средств ИП" (нет требований по точной формулировке).

Выводить можете сколько хотите. Банк не контролирует, оплачены налоги у вас или не оплачены. Налоги вы можете платить не обязательно с расчетного счета, можно в любом банке наличными через операциониста или в СБ через терминал.
Если у вас УСН или ОСНО, то подтверждением вашего дохода будет выписка с расчетного счета, не важно, сняли ли вы этот доход, важно поступление. Для ЕНВД и патента доход не важен.