как убить на флешке скрытые файлы какая нужна программа?

зайти в меню сервис/параметры папок...
там поставить галочку показывать скрытые фалы
применить ко всем папкам
ок

Просто скрыть их... зачем убивать?

форматирование убивает все

Изменить атрибуты: http://www.diacr.ru/zametki/27-kak-snyat-attribut-skrytyi-i-sistemnyi/kak-snyat-attribut-skrytyi-i-sistemnyi.htm

1) Unreal Commander - в конфигурации выставить - показывать скрыте файлы
2) зайти на флешку, выделить скрыте. нажать DEL