Может ли фай с расширением js быть исполнительным?

gif может быть вирусом, не то что js

если файл называется script.js, то под Windows можно сделать

cscript script.js

или

wscript script.js

а код в script.js может иметь доступ к объекту файловой системы...

Каким? Исполнительным? Может быть, исполняемым? В русском языке эти слова имеют разный смысл. В линуксе исполняемым файлов может быть всё, что угодно.
Пишешь #!/usr/bin/php и дальше php-скрипт, ставишь ему расширение js и +x, вот у тебя исполняемый js-файл с php-кодом внутри. php только для примера, там можнт быть и bash и что угодно ещё, может быть и бинарник.

Все, что тебе выше написали не читай, т. к. это не по делу в твоем случае.
Секретарша открыло письмо с этим файлом и произошел сбой всех файлов, обычно это документы семейства Майкрософт офис. Произошел не сбой и файлы не "похерило" был запущен скрипит на Шифрацию ваших файлов, к сожалению в 90% случаях вам не вернуть свои файлы. В 10% входит 9% Заплатить злоумышленникам, чтобы те, вернули доступ к вашим файлам и 1% попробовать отправить Доктору Вебу файл на расшифровку, если у них получится, то сможете все файлы вернуть.

В 2 словах все, что выше описал. Вам прислали вирус-шифратор, самим расшифровать не получится.
И у вас 2 выхода - Заплатить злоумышленникам ( Обычно они требуют не более 500$) или обратиться к ДоктореВебу, а конкретнее вот сюда https://support.drweb.ru/new/free_unlocker/?keyno=&for_decode=1

Нá скòлькò пóмню обсуждали тут уже, используй - mwfix