Кто ездил в Японию, подскажите, пожалуйста, сложно ли оформить визу и во сколько примерно обойдётся тур?

Визу оформляют только под гарантии принимающей стороны в Японии. Если Вы поедете через турфирму, то они Вам визу и оформят. Если самостоятельно то ищите такого гаранта. Можете через фирму забронировать отель, и они Вам сделают визу.
Во сколько обойдется тур не могу сказать. Мой перелет стоил 38 000 руб. Москва-Токио_Москва. Отель стоил 80 долл. сутки. Рядом станция Шинагава.
Я бы не назвала Японию дорогой страной. Очень дорогой только всякий транспорт. Сколько стоит смотрите здесь http://www.hyperdia.com/cgi/en/search.html?dep_node=TOKYO&arv_node=KYOTO&via_node01=&via_node02=&via_node03=&year=2015&month=06&day=14&hour=11&minute=30&search_type=0&search_way=&transtime=undefined&sort=0&max_route=5&faretype=0&ship=off&lmlimit=null&search_target=route&facility=reserved&sum_target=7
Можете купить JR пасс если будете ездить много. Проездной на сутки в Токио стоил 590 йен, т. к. я не смогла разобраться с автоматами сколько до чего стоит билет.
Покушать в среднем от 1000 до 3000 йен, но на последнее просто укушаться.