Действительно, уведомлять ФНС о смене паспортных данных руководителя - уже не нужно, ФМС уведомляет ФНС об этих изменениях в порядке межведомственного взаимодействия. Но это может занять время. Если нужно внести изменения срочно, то придется сделать это самостоятельно. Уведомлять ФНС о смене фамилии руководителя нужно в течение 3-х дней.
Подробнее:
http://ipipip.ru/ART/vnesenie-izmenenii-EGRUL.php