в биосе ставишь что бы первым грузился сидюк, потом вставляешь диск и устанавливаешь. во время установки спросит куда ставить, укажи раздел тот где нет операционки.
Можно и на один диск. Только в первой надо шаманить в реестре на предмет переименования папок: Document and Settings Programm Files на другие, любые имена. И вторую сдуру не ставь в папку Windows.
Есть один изящный способ - скопировать раздел с системой на предварительно освобожденное место и загружать системы при помощи менеджера загрузки типа Boot Magic.