"лепить" и "лепи" формы слова, почему тогда основы разные (лепи/ть - леп/и)? Однокоренные - Н. ф и повелительная?

А почему Вы решили, что в неопределенной форме основа "лепи-"? И что за окончание неопределенной формы - "-ть"? Такого нет.
Основа "леп-", окончания - в н. ф. -ить, в повелительном наклонении -и.
Все логично.
Лепка, слеплено, лепнина. Везде "леп-".

Русская грамматика - дама капризная. В разных учебниках по-разному рассматривается морфемный состав слова. Поэтому утверждать категорично, что -ть - это суффикс, невозможно.
Вот морфемный разбор, который предлагает онлайн-словарь морфем: корень - ЛЕП; окончание - ИТЬ; основа слова: ЛЕП.
Это еще один словарь предлагает:
с/леп/и́/ть (игрушку, от лепить) – приставка/корень/суффикс/суффикс или окончание; основа слова – слепи-.
А вот это еще один вариант морфемного разбора (словарь морфем):
лепить
леп — корень
и — суффикс
ть — окончание
лепи — основа слова.

Вот и разберитесь с этим загадочным глаголом. Но он не один такой. Возьмите слово СЛЕДИТЬ. Там та же история. В личных формах И входит в окончание, а в инфинитиве это суффикс.
В других славянских языках такой неразберихи нет.