Как сбросить биос до нуля на материнской плате msi h61m-p31/w8

До нуля - это у вас сейчас :)
Немного не понял, как такое произошло -- "случайно биос обновился с флешки где была винда"

здравствуйте, ежели причина именно в том, что описали, то выключите компьютер далее в̲ы̲к̲л̲ю̲ч̲и̲т̲е̲ ̲Б̲П̲ и после снимите Аккуратно батарейку (cmos) минут на 5-7 и обратно ставьте и все