могут забрать паспорт рф на оформления шенгенской визы

Виза вклеивается в паспорт. Если они паспорт не заберут, то как визу вклеят?

Нет, не могут. Паспорт РФ для шенгенских виз представляется только в виде копии. А виза вклеивается в загранпаспорт, а не в паспорт РФ.
Опыт: многократное получение лично шенгенских виз