Отличие в цене, может быть ещё в сроках действия, смотря где брать. Недавно ещё скандал был, что некоторые браузеры выкинули корневой сертификат, не помню чей, из доверенных, как раз из бесплатных, но потом вроде все помирились.
https://www.opennet.ru/opennews/art.shtml?num=44924Вот свежая новость, связанная с бесплатными сертификатами