Можно ли перевозить через границу ( Германия) травмат под патрон Флобера?

Т. е. Вы хотите ввезти в Германию травмат? А откуда ввезти? Из России?
Тогда Вам надо сначала его из России вывезти. Для этого понадобиться разрешение МВД+сертификат. И естественно декларировать.
И в Германии, тоже понадобиться разрешение, только их уполномоченного органа.
И без этих документов Вы рискуете попрощаться с травматом.
См. ФЗ об Оружии ст. 17.
п. 2.22. http://www.tsouz.ru/db/entr/pages/polog222.aspx

Ну путайте разрешение на ношение и разрешение на ввоз и вывоз. Либо справка МВД о неотнесении к оружию, либо разрешение.