Можно ли мне ей делать маникюр

Ответ на ваш вопрос можно найти только методом гадания по аватарке, с соответствующей достоверностью. Диагноз "темнеет и болит" не несет в себе никакой вводной информации. Вы хотя бы это глазами видели, а к вопросу даже фото приложить не догадались.
Кроме того, имеет значение что вы маникюром называете. А то есть сомнения...

я вот ударила в очередной раз ноготь на мизинце и пока не отрастет и синяк не пройдет не делаю. А в чем у нее причина?

Можно попробовать проконсультироваться у мастеров, （таких же как и вы）может у кого то был подобный опыт, подскажут что да как. У жены что то подобное с ногтём было, она ходила на Маникюр в Салоне красоты Primae в Куркино и Химках, ей сказали что не надо трогать.